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Los arrecifes de coral de aguas frías (CWC) componen uno de los ecosistemas más diversos y productivos del reino marino (Rogers, 1999; Roberts et al., 2009; Cathalot et al., 2015; Jensen et al., 2015), pero el impacto humano sobre estos arrecifes es significativo y va en aumento. Los arrecifes se enfrentan a amenazas locales y globales, como la destrucción física (Heifetz et al., 2009), la contaminación química (Fisher et al., 2014), así como el calentamiento y la acidificación de las aguas como consecuencia del cambio climático (Hoegh-Guldberg et al., 2017). El conocimiento de las distribuciones de las especies es fundamental para la gestión ecológica y la conservación, pero la cartografía de los entornos de aguas profundas requiere mucho tiempo y es costosa, y rara vez se lleva a cabo en toda su extensión.

Las colonias de Lophelia pertusa se recogieron en mayo de 2018 (crucero de investigación 2018613 RV K. Bonnevie) a 200 m de profundidad en el arrecife Nakken CWC (59°49,83N, 05°33,44E) utilizando el ROV Aglantha. A bordo, las colonias se transfirieron (sumergidas en agua) desde la biocaja del ROV a un gran tanque que contenía agua sin filtrar desde 100 m de profundidad. Posteriormente, los corales fueron transportados al laboratorio del Instituto de Investigación Marina en Bergen y a tanques de flujo de 300 L que recibían agua filtrada con arena procedente de 120 m de profundidad a un ritmo de 100 L h-1 durante 5 meses antes de comenzar los experimentos.

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ResumenAntecedentesEl microbioma de los macroorganismos podría influir directa o indirectamente en el desarrollo y la homeostasis del huésped. Muchos estudios se han centrado en la diversidad y distribución de procariotas dentro de estos conjuntos, pero el compartimento microbiano eucariota sigue siendo poco explorado hasta ahora.ResultadosPara abordar esta cuestión, comparamos los cebadores de bloqueo y de exclusión para analizar las comunidades microeucariotas asociadas a las ostras Crassostrea gigas. La secuenciación de alto rendimiento de los bucles variables de los genes 18S rRNA reveló que los cebadores excluyentes se comportaron mejor al no amplificar el ADN de las ostras, mientras que el cebador de bloqueo no evitó totalmente las contaminaciones del huésped. Sin embargo, los cebadores bloqueadores y excluyentes mostraron un patrón similar de diversidades alfa y beta cuando se secuenciaron las comunidades de protistas mediante metabarcodificación. Alveolata, Stramenopiles y Archaeplastida fueron los principales filos protistas asociados a las ostras. En particular, Codonellopsis, Cyclotella, Gymnodinium, Polarella, Trichodina y Woloszynskia fueron los géneros dominantes. El patógeno potencial Alexandrium también se encontró en gran abundancia en algunas muestras.ConclusionesNuestro estudio reveló los principales taxones protistas dentro de las ostras, así como la aparición de potenciales patógenos de ostras. Estos nuevos conjuntos de cebadores son herramientas prometedoras para comprender mejor la homeostasis de las ostras y el desarrollo de enfermedades, como el síndrome de mortalidad de las ostras del Pacífico (POMS) que afecta a los jóvenes.

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ResumenLos microsatélites son los marcadores de elección para una variedad de estudios genéticos de poblaciones. La reciente llegada de la pirosecuenciación de nueva generación ha acelerado drásticamente el descubrimiento de locus de microsatélites al proporcionar una mayor cantidad de lecturas de secuenciación de ADN a menor coste en comparación con otras técnicas. Sin embargo, las pruebas de laboratorio de los cebadores de PCR dirigidos a potenciales marcadores de microsatélites siguen siendo largas y costosas. Aquí mostramos cómo reducir esta carga de trabajo seleccionando los loci de microsatélites mediante análisis bioinformáticos antes del diseño de los cebadores. Nuestro método enfatiza la importancia de la calidad de la secuencia, y evitamos los loci asociados a elementos repetitivos mediante el cribado con bases de datos de secuencias repetitivas disponibles para un número creciente de taxones. Probando con el pez cabra de rayas amarillas Mulloidichthys flavolineatus y el copépodo planctónico marino Pleuromamma xiphias mostramos una mayor tasa de éxito de los cebadores seleccionados por nuestra línea de trabajo en comparación con anteriores metodologías de detección de microsatélites in silico. Siguiendo la misma línea de trabajo, descubrimos y seleccionamos loci microsatélites en otras nueve especies, incluyendo peces, estrellas de mar, copépodos y pulpos.

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ResumenEl estudio de la ecología de los microeucariotas fotosintéticos y las comunidades de cianobacterias procariotas requiere herramientas moleculares que complementen las observaciones morfológicas. Estas herramientas se basan en marcadores genéticos específicos y requieren el desarrollo de bases de datos especializadas para lograr la asignación taxonómica. Hemos creado una base de datos de referencia, denominada µgreen-db, para el gen 23S rRNA. Las secuencias se recuperaron de bases de datos generalistas (NCBI, SILVA) o de Comparative RNA Web (CRW), además de un enfoque más original que implica búsquedas recursivas de BLAST para obtener la mejor recuperación de secuencias posible. En la actualidad, µgreen-db incluye 2.326 secuencias de ARNr 23S pertenecientes tanto a eucariotas como a procariotas que abarcan 442 géneros únicos y 736 especies de microeucariotas fotosintéticas, cianobacterias y plantas terrestres no vasculares basadas en la taxonomía del NCBI y AlgaeBase. Cuando se utiliza la taxonomía PR2/SILVA en su lugar, µgreen-db contiene 2.217 secuencias (399 géneros únicos y 696 especies únicas). Utilizando µgreen-db, pudimos asignar el 96% de las secuencias del dominio V del gen 23S rRNA obtenidas por metabarcodificación tras la amplificación a partir del ADN del suelo a nivel de género, lo que pone de manifiesto la buena cobertura de la base de datos. µgreen-db está disponible en http://microgreen-23sdatabase.ea.inra.fr.

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